버섯은 분류학적으로 생물군, 균계, 진핵균류, 담자균아부와 자낭균아부에 속한다. 분류학상 크게 생물(animate)과 무생물(inanimate)로 나누어지고, 생물은 식물(plant)과 동물(animal)로 대별된다. 분류 초기에 버섯은 식물 중 뿌리와 줄기와 잎의 구별이 없기 때문에 하등식물인 엽상식물(葉狀植物: 藻類, 菌類)로 분류되었으나, '78년 寺川의 생물삼원론(生物三元論)에 의해 식물계(植物界), 동물계(動物界) 그리고 균계(菌界)로 나누게 되어 버섯은 균계에 속하게 되었다. 균계는 원핵균류(마이코플라스마, 세균, 방선균 등)와 진핵균류(眞菌)로 나누어지는데, 버섯은 진핵균류 중 담자균(擔子菌)과 자낭균(子囊菌)에 속하는 사물기생균(死物寄生菌), 활물기생균(活物寄生菌) 또는 활물공생균(活物共生菌)이다. 우리가 알고 있는 대부분의 버섯은 사물기생균, 즉 부생균(腐生菌)에 속하는 고등균류(高等菌類)인데, 이들은 엽록소(葉綠素)가 없어 광합성(光合成)을 할 수 없고, 따라서 스스로 양분을 축적하지 못하므로 죽어있는 특정 기주(寄主)로부터 영양을 섭취하면서 생장하는 균이다.

활물기생균에 속하는 동충하초와 활물공생균에 속하는 송이, 그리고 활물기생과 사물기생 둘다 가능한 복령 등도 있다.

참고로 석이(石茸 Umbilicaria esculenta)는 분류학상 균류에 속하지 않고 지의류(地衣類 lichens)에 속하며, 전세계에 400속의 20,000종이 분포하는 것으로 알려져 있다. 지의류는 균류(mycobiont)와 조류(photobiont)의 공생체이다.

자연계에서 버섯의 영양섭취 방법은 주로 셀루라아제(cellulase)와 리그나아제(lignase) 등의 효소를 분비하여 섬유소인 셀루로오스(cellulose), 헤미셀루로오스(hemicellulose), 목질소인 리그닌(lignin) 등을 분해하면서 자신의 영역을 넓혀 나가고, 각종 질소원으로부터 영양을 섭취하여 세포의 구성물질을 합성해 나간다. 자연생태계에서 식물을 생산자(生産者), 동물을 소비자(消費者)로 볼 때 이러한 균류는 분해자(分解者) 또는 환원자(還元者)로서 유기물순환(有機物循環)에 매우 중요한 역할을 맡고 있으므로 버섯을 자연의 보고(寶庫), 숨겨진 보물(寶物)이라고 표현하기도 한다. 그리고 미래에 올 혹성시대에 대비하여 미국의 NASA에서 버섯을 우주(宇宙)의 식품 또는 미래(未來)의 식품으로 지정하여 극찬하였는데, 이것은 버섯이 과거와 현재 그리고 미래로 이어지는 영원불멸(永遠不滅)의 식품임을 시사하고 있다